Pondok Pesantren Al Inayah bekerjasama dengan lembaga pendidikan lainnya yang bersifat formal dibawah pengawasan kementrian agama (Madrasah) maupun kementrian pendidikan (sekolah), dalam hal ini (sekolah dasar/sederajat) santri Ponpes Al Inayah dapat sekolah di lembaga pendidikan dibawah naungan Lembaga Pendidikan Ma'arif NU yaitu MI Darussalam yang tempatnya tidak jauh dari Ponpes Al Inayah sehingga mudah dijangkau oleh santri yang sekolah disana.
Mulai tahun pelajaran 2019/2020, santri PonPes Al Inayah yang menimba ilmu di MI Darussalam di antar jemput oleh pengurus yang bertugas, ini merupakan kelebihan tersendiri bagi santri-santri yang masih berusia sekolah dasar dan dperlu pengawasan tersendiri agar bisa sampai di sekolah dengan cepat dan selamat,walaupun tempat sekolahnya dekat bahkan masih satu dusun tetapi beda arah.
selain di MI Darussalam, juga terdapat sekolah dasar yang lokasinya dekat dari PonPes Al Inayah, dari radius 1 KM saja terdapat 4 sekolah dasar yang dapat dijangkau oleh santri yaitu MI Darussalam, SD VIP Mambaul Hisan, SDN Sidoagung 2, dan SDN Sidoagung 3.
Tetapi dari PonPes Al Inayah memberikan anjuran bagi santri yang ingin sekolah formal tingkat dasar agar sekolah di MI Darussalam, dan adapun pilihan sekolah yang ditentukan menjadi hak tersendiri bagi santri yang bersangkutan walaupun sekolahnya jauh (asal mendapat ridlo Romo Kyai).
